La première apparition d'El Cid, dans le manga, est très rapide et se limite à sa participation à la réunion des douze chevaliers d'Or au Sanctuaire.
On l'aperçoit dans le premier volume, épisodes 2 et 4. Il disparaît ensuite pour ne revenir que pour l'arc des rêves, dont il est le principal protagoniste.
Lors de la visite de Hadès à Athéna, Sisyphe tente de tirer une flèche sur le Dieu, qui la lui retourne, lui infligeant une blessure spécifique touchant son âme même. Sisyphe sombre alors dans le coma et ne se réveille plus.
El Cid est en plein recueillement auprès de son ami lorsque Sasha entre dans le Temple du Sagittaire . A cet instant, Icélos, un des dieux des rêves, pénètre le Sanctuaire. Il vole l’âme de Sisyphe afin de l’enfermer dans un monde régi par les Dieux des rêves (
ajout de l’animé. Dans le manga, l’âme de Sisyphe est prisonnière dès le début de son coma).
El Cid, s’agenouillant en signe de déférence, demande alors à Sasha la permission d’aller sauver Sisyphe. Il part seul, au grand dam de ses élèves/compagnons qui décident dans un premier temps de veiller sur Sisyphe.
Le Capricorne pénètre la barrière des rêves et rencontre un groupe de spectre incluant Grégor du Genbu qu’il défait facilement. Les dieux des rêves, Oneiros, Icelos, Phantasos et Morphéus, qu’il traquait depuis longtemps avec Sisyphe, apparaissent à cet instant.
El Cid engage alors le combat, mais Icélos bénéficiant de pouvoirs dimensionnels (et pouvant notamment tordre les dimensions à sa volonté) lui renvoie ses attaques et lui tranche le bras droit. Le Capricorne encaisse sans une plainte même s’il est un court instant déstabilisé.
Phantasos, minaudant, ramasse alors le membre amputé juste avant de se retirer avec ses compagnons, laissant le chevalier pour mort. Or, El Cid parvient à suivre la trace de la partie d’armure recouvrant son bras à travers les dimensions. Répondant à son appel, il arrive à entrer dans le monde des rêves, retrouvant Phantasos qu’il vainc relativement facilement. Dans l’animé, El Cid bénéficie d’un rajout dans le sens où le Dieu se rend compte, en lui infligeant sa Grim Fantasia qu’il n’a dautre rêve que celui de parfaire sa lame.
« Encore trois dieux »
Il est à nouveau confronté à Icélos et à ses torsions dimensionnelles. Afin d’avoir une chance de vaincre, il répand sur la zone de combat le sang provenant de son bras coupé ainsi que de ses blessures, ce qui lui permet de voir les torsions, et de deviner d’où viendra la prochaine attaque. Il parvient alors à défaire un deuxième dieu.
Après avoir vaincu Icélos, il atteint Morphia où il rencontre Tenma qu’il sauve d’un éboulement. Celui-ci lui apprend qu’il a défait Morphéus. Les deux chevaliers découvrent alors facilement la porte protégeant le rêve dans lequel Sisyphe est enfermé : il s’agit de la seule porte restant en place, Sisyphe étant devenu son propre verrou.
Oneiros arrive à cet instant, appelant les âmes de ses trois compagnons afin de fusionner. Il lance alors l’Oracle du Gardien sur ses ennemis. Sasha intervient sous forme de projection mentale, sauvant El Cid et Tenma. Elle a pu suivre la trace d’El Cid et se charge de secourir Sisyphe. Une fois qu’elle a passé la porte de son rêve, Tenma et El Cid reprennent le combat pour la protéger et lui donner plus de chances à la Guerre de basculer du côté du bien, Sisyphe étant considéré comme indispensable.
Les deux chevaliers lancent leurs attaques simultanément (Pegasus Suisei Ken et Jumping Stone), ce qui leur permet d’envoyer Oneiros en dehors du monde des rêves.
Le combat reprend alors contre quatre dieux en un. Les multiples tentatives de destruction de ces âmes de la part de Tenma et de El Cid s’avèrent vaines. Par ailleurs, le Capricorne s’affaiblit et semble perdre espoir.
Les compagnons d’El Cid arrivent à cet instant, voulant combattre à ses côtés, et se font supprimer en un instant par le Dieu. Le Capricorne a toutefois le temps de leur faire ses adieux (ajout de l’animé)
Yato de la Licorne et Yuzuriha de la Grue arrivent ensuite afin d’aider Tenma, mais rien n’y fait.
Sasha, entre temps, a réussi à ramener Sisyphe au Sanctuaire. Celui-ci contacte alors El Cid télépathiquement afin de lui apprendre qu’il vient de décocher une flèche imprégnée du cosmos d’Athéna.
El Cid reprend courage, tourne le dos à son adversaire et intercepte le carreau, le divisant en quatre, sacrant par là sa lame qu’il peut baptiser Excalibur. Les quatre parties de la flèche touchent chacune une âme d’un des dieux, entamant sérieusement l’intégrité du quatuor.
Oneiros plonge alors vers Tenma et El Cid se sacrifie pour le sauver, enfonçant sa lame dans le corps du dieu, et l’explosion qui s’ensuit détruit les deux belligérants.
El Cid, comme les autres chevaliers d’or, fait un bref retour à la toute fin de la Guerre Sainte, lorsque Shion et Doko se retrouvent seuls face à Hadès. Le Chevalier du Bélier invoque alors les armures des dix chevaliers d’or décédés. L’âme d’Hadès est à cet instant expulsée du corps de Alone et s’enfuit vers le Temple de Pluton.