Ce désert est composé presque uniquement de sable à perte de vue, parsemée uniquement de quelques cactus et gigantesque ossements. Il faut faire très attention où l'on met les pieds, car des monstres se terrent sous terre et peuvent faire surface à tout moment.
C'est aussi dans ce désert que l'on peut trouver le Palais du Désert. Bien que son accès soit protéger, un descendant des Sept Sages va proposer son aide au Dernier Héros quand celui-ci le trouvera au fond de sa cachette.
D'après l'encyclopédie officielle de Zelda.com, il se pourrait que le désert Hanté présent dans Ocarina of Time soit le même lieu que le désert du Mystère. Le nom japonais pour le désert du Mystère est identique à celui utilisé pour le Désert du Doute dans Four Swords Adventures.