La nuit où ce fut le tour de la princesse Zelda, elle réussit à envoyer un message télépathique à un jeune garçon du nom de Link et son oncle, ceux-ci étaient les derniers descendants des chevaliers d'Hyrule qui avaient autrefois protéger le royaume durant la Guerre du Sceau et permit de sceller Ganon et le Monde des Ténèbres. Ils empruntèrent un passage secret menant au Château d'Hyrule, mais l'oncle fut tuer et donna et son épée et son bouclier à son neveux pour qu'il sauve la princesse. Il réussit finalement à la sauver et ils prirent un passage secret menant aux égouts pour atteinte, un sanctuaire habiter par un prête loyal à la famille royal. La princesse Zelda révéla les intentions d'Agahnim et le prêtre demanda à Link de trouver l'Épée de Légende, seul moyen de vaincre Agahnim. Celui-ci se mit donc en quête de l'Épée de Légende alors que la princesse restait en sûreté avec le prêtre
Toutefois, après quelque temps, Aganhim réussit à retrouver la princesse, il attaqua le sanctuaire et amena la princesse. Link arriva juste à temps pour que le prêtre lui dise ce qu'il viens d'arriver avant de mourir. Armée de l'Épée de Légende, Link se fraya donc un chemin à travers le Château d'Hyrule et réussit à atteindre la salle du sacrifice, mais le sorcier réussit juste à temps à envoyer la princesse Zelda dans le Monde des Ténèbre avant d'affronter le jeune intrus. La barrière entre le Monde de la Lumière et le Monde des Ténèbres est alors brisé et Ganon est libéré.
Toutefois, Link réussit à libéré une à une les descendantes des sept Sages et la dernière fut la princesse Zelda, prisonnière dans un cristal dans le Roc de la Tortue. Le jeune héros se rend alors à la Tour de Ganon où les descendantes des sept sages brise la barrière magique qui protégeait la tour. Le Dernier Héros put donc y pénétrer, il y vainc Agahnim qui se trouva n'être qu'un pantin de Ganon qui fuit vers la Pyramide, centre de son pouvoir où il affronta le héros qui réussit à tuer le démon.
Quelques années plus tard, d'étrange rumeur se font entendre dans les royaumes voisin d'Holodrum et de Labrynna. La jeune princesse envoie sa servante Impa trouver Nayru, l'Oracle des Ages, pour la protéger. Alors que la Triforce appelle Link qui est envoyer en Labrynna. Toutefois, Veran, la Sorcière de l'Ombre prit possession d'Impa et berna Link pour s'approcher de Nayru. Là, elle prit possession de l'Oracle des Âges et retourna dans le passé pour changer le cours des choses. Link commença alors une quête pour vaincre la sorcière. Après un long voyage à travers le temps et l'espace, il réussit à vaincre la sorcière.
Pars la suite, Zelda envoya Impa et quelques gardes déguiser en musicien protéger Din, l'Oracle des Saisons alors que la Triforce appela pour une seconde fois Link et l'envoya en Holodrum. Toutefois, Honox, le Général des Ténèbre attaqua la troupe et enleva Din, bouleversant alors le cours des saisons. Link commence alors une quête pour sauver l'Oracle. La princesse, alarmée pars ses éléments viens elle-même à Holodrum, mais elle est alors capturer par le grand Moblin. Link vint finalement la sauvé et elle lui donne l'Anneau de Joie Bleu, un puissant anneau magique. Link réussit finalement après une longue quête, à vaincre Honox et à libéré Din. Toutefois, ces deux événements n'étaient pas anodin et avient été soigneusement planifier dans l'ombre par les sorcières Twinrova dans le but de ressusciter Ganon. Malgré que Link est vaincu Veran et Honox, ceux-ci avaient réussit à allumer la Flamme de la Désolation et à la Flamme de la Destruction. Deux des trois Flammes nécessaire à la résurrection de Ganon. Les sorcières jumelles enlevèrent alors la princesse Zelda pour la sacrifier à Ganon. Ce qui permet à la flamme du désespoir de s'allumer. Il ne reste plus qu'à sacrifier la vie d'une descendante de la déesse Hylia pour que le Seigneur du Malin ressuscite. Toutefois, Link arrive à temps pour empêcher le sacrifice de Zelda et réussit à vaincre les Koume et Kotake. Toutefois, celles-ci dans leur dernier souffle de vie, se sacrifie pour permettre le retour de leur fils. Toutefois, étant donner que le rituel n'a pas été fait dans les règles de l'art, c'est un Ganon idiot qui revient à la vie. Celui-ci ne souhaite qu'une chose: la destruction du monde, mais Le dernier Héros réussit à le vaincre encore une fois. Toutefois, sans l'Épée de Maître, il n'a pas put le tué, mais seulement le sceller dans le Monde des Ténèbres.
