La saison 2 de Doctor Who fut diffusée d'octobre 1964 à juillet 1965 et vit le départ des premiers compagnons du Docteur à savoir Susan, Ian et Barbara qui laisseront leur place à Vicki et Steven, qui apparaîtront à partir de 1965.
- Épisode 9 : Planet of Giants
Diffusé en trois parties du 31 octobre au 14 novembre 1964, Planet of Giants raconte comment le Docteur et ses compagnons se voient miniaturisés dans un jardin de Londres. Ils doivent alors faire face aux insectes soudainement beaucoup plus menaçants qu'à l'accoutumée. Par ailleurs un meurtre ayant eu lieu, voilà qu'ils doivent en plus mener l'enquête.
- Épisode 10 : The Dalek Invasion of Earth
Composé de six parties diffusées du 21 novembre au 26 décembre 1964, l'épisode raconte, comme son nom l'indique, l'invasion de la Terre (et surtout de Londres) par les Daleks. L'épisode en soit est assez impressionnant et rend compte de l'ampleur de la série, bénéficiant d'un budget suffisamment important pour pouvoir bloquer des grandes rues et places de Londres pour pouvoir tourner. Le retour de décors naturels et en extérieurs est également bienvenu. Non pas que ce soit la première fois, mais pour une série télévisée de science fiction des débuts de la télé, c'était un phénomène assez rare à ce moment là, les 9/10 des épisodes et décors se passant en studio. Il s'agit de l'un des meilleurs épisodes du Premier Docteur, avec The Crusade et Marco Polo. L'épisode est également culte car il marque le départ de Susan Foreman de la série, à qui le Docteur fait un discours d'adieu qui est régulièrement cité dans la série, notamment dans l'épisode anniversaire de 1983, où il sert d'ouverture.
- Épisode 11 : The Rescue
Diffusé en deux parties le 2 janvier et le 9 janvier 1965, cet épisode introduit le personnage de Vicki, qui remplace alors Susan parti dans l'épisode précédent. C'est honnêtement pas le meilleur épisode, même si il nourrit un suspens plutôt bienvenu, il arrive quand même à être assez ennuyeux en étant composé que de deux parties.
- Épisode 12 : The Romans
Diffusé en 4 parties du 16 janvier au 6 février 1965, The Romans se passe, comme son nom l'indique à la Rome antique, plus exactement dans le palais de Néron juste avant l'incendie de Rome. Nouvel épisode historique comme il était de coutume dans les premières saisons de la série, il est bien évidemment caricatural avec un Néron despotique et responsable de l'incendie de Rome. A noter par ailleurs que le Docteur dans la saison 4 de la nouvelle série fera référence à cet épisode en disant être potentiellement responsable de l'incendie.
- Épisode 13 : The Web Planet
Diffusé en six parties du 13 au 20 mars 1965, il s'agit probablement du plus mauvais épisode de la saison. Composé de six parties qui plus est, l'épisode est très long, pour une histoire plutôt qui ne le mérite pas. Les effets spéciaux ne sont pas seulement kitsch mais très très difficiles à regarder, du fait notamment du budget assez minime qui fut alloué à l'épisode.
- Épisode 14 : The Crusade
The Crusade en revanche, est excellent. Diffusé en quatre parties du 27 mars au 17 avril 1965, il amène nos personnages en pleine Troisième Croisade tandis qu'ils font la rencontre de Richard Coeur de Lion, interprété par nul autre que Julian Glover, qui jouera plus tard dans L'Empire contre-attaque, Indiana Jones et la Dernière Croisade, et notamment le Grand mestre Pycell dans la série Game of Thrones.
Un excellent épisode durant lequel on ne s’ennuie nullement, aux costumes et aux décors assez réussis. Malheureusement, Deux parties sur les quatre furent supprimées par la BBC et ne sont aujourd'hui disponibles qu'en reconstitution. La force de cet épisode peut notamment se mesurer par le fait qu'il reste agréable à suivre malgré cet handicap.
- Épisode 15 : The Space Museum
Composé de 4 parties diffusées du 24 avril au 15 mai 1965, The Space Museum raconte comment le Docteur et ses compagnons se retrouvent piégés à l'intérieur d'un musée extra-terrestre qui risque, s'ils ne changent pas leur destin, de les garder à tout jamais comme objets de collection.
- Épisode 16 : The Chase
The Chase est composé de six parties diffusées du 22 mai au 26 juin 1965. C'est à partir de cet épisode que les Daleks se mettent à considérer le Docteur comme leur plus grand ennemi. Par ailleurs, il marque le départ des personnages de Ian et Barbara, interprétés respectivement par William Russell et Jacqueline Hill (qui reviendra cependant dans la série pour un épisode de la saison 18). Enfin, c'est l'épisode qui marque l'arrivée de Steven Taylor dans la série (et qui restera compagnon du Docteur jusqu'à la saison 3).
- Épisode 17 : The Time Meddler
The Time Meddler, diffusé en 4 parties du 3 au 24 juillet 1965, est le dernier de la saison 2 et marque la première apparition d'un autre Seigneur du Temps en dehors du Docteur et de Susan. Le Docteur et ses deux compagnons atterrissent ainsi en 1066 mais de nombreuses anomalies et anachronismes font rapidement leur apparition, et semblent être le fait d'un étrange moine (lequel vous aurez compris, est un autre Seigneur du Temps). Un épisode très sympathique, notamment du fait qu'on croise pour la première fois un personnage aux connaissances/cultures égales à celles du Docteur.