La saison 3 de Doctor Who fut diffusée de septembre 1965 à juillet 1966 et marque notamment l'arrivée de l'acteur Nicholas Courtney dans la série, qui obtiendra un rôle récurrent en interprétant plus tard le brigadier Lethbridge-Stewart. C'est également à partir de cette saison que la BBC commence à effacer bon nombre d'épisodes pour des raisons d'économies et sur les 10 épisodes que compte la saison, seulement 3 sont intégralement préservés.
- Épisode 18 : Galaxy 4
Composé de quatre parties diffusées du 11 septembre au 2 octobre 1965, Galaxy 4 est donc le premier épisode de la saison 3. Il met en scène une guerre entre deux races extra-terrestres, les Rills et les Drahvins. Sur les quatre parties de l'épisode, trois sont manquantes et ont fait l'objet de reconstitution.
- Épisode 19 : Mission to the Unknown
Composé d'une seule partie de 25 minutes diffusée le 9 octobre 1965, Mission to the Unknown sert de prologue à l'épisode The Daleks' Master Plan et se concentre sur d'autres personnages que le Docteur et ses compagnons, absents de l'épisode. Il n'est aujourd'hui disponible qu'en reconstitution.
- Épisode 20 : The Myths Makers
Diffusé du 16 octobre au 6 novembre 1965 en quatre parties, The Myths Makers raconte comment le Docteur, Vicki et Steven se retrouvent en pleine guerre de Troie, tandis qu'ils assistent au duel entre Achille et Hector et Docteur est alors prit pour Zeus. Cet épisode voit notamment le départ du personnage de Vicki, interprété par Maureen O'Brien. Un bon épisode en raison de son histoire, malheureusement intégralement détruit par la BBC et dont il ne subsiste aujourd'hui que quelques images enregistrées par des spectateurs servant aux reconstitutions.
- Épisode 21 : The Daleks' Master Plan
Composé de 12 parties diffusées du 13 novembre 1965 au 26 janvier 1966, The Daleks' Master Plan est le plus long épisode de Doctor Who à ce jour. Il contient notamment le premier épisode "spécial Noël" de la série, avec la partie The Feast of Steven, qui change le ton de l'épisode en se concentrant notamment sur les fêtes de Noël (cette partie étant sortie le 25 décembre 1965). C'est notamment dans cet épisode que Nicholas Courtney apparaît pour la première fois dans la série. Il reviendra dans la saison 5 avec l'épisode Web of Fear pour jouer le rôle du colonel Lethbridge-Stewart. L'épisode, bien que racontant une histoire attrayante, est malheureusement trop long, et non aidé par le fait que la BBC ait supprimé plusieurs épisodes. En effet sur les 12 parties, seulement 3 ont été sauvées, les autres étant disponibles aujourd'hui qu'en reconstitution.
- Épisode 22 : The Massacre of St Bartholomew's Eve
Diffusé en quatre parties du 5 au 26 février 1966, The Massacre of St Bartholomew's Eve raconte, comme son nom l'indique, le massacre de la Saint-Barthélemy en 1572. Malheureusement l'intégralité de l'épisode fut perdu et il n'est aujourd'hui regardable qu'en reconstitution. Dommageable car même avec ce handicap, il reste agréable à suivre. C'est dans cet épisode qu'apparaît pour la première fois le personnage de Dodo Chaplet, qui deviendra une compagnon du Docteur en remplacement de Vicki.
- Épisode 23 : The Ark
The Ark est composé de quatre parties diffusées du 5 au 26 mars 1966, et raconte comment le Docteur et ses deux amis se retrouvent sur un vaisseau "arche", en l'an 10 000 000, sur lequel les humains cherchent un nouveau foyer et son servir par une race alien appelée Monoïdes, lesquels vont alors organiser une révolte...
- Épisode 24 : The Celestial Toymaker
Diffusé en quatre parties du 2 au 23 avril 1966, The Celestial Toymaker raconte comment le TARDIS est capturé par le "Fabricant de jouets céleste", un être cosmique qui ne jure que par le jeu et qui oblige alors le Docteur et ses amis à relever ses défis pour continuer leurs voyages. Un épisode sympathique qui, là aussi, fut en partie supprimé par la BBC et qui n'a aujourd'hui qu'un seul épisode de retrouvé.
- Épisode 25 : The Gunfighters
The Gunfightersest composé de quatre parties diffusées du 30 avril au 21 mai 1966. Il s'intéresse aux événements de la fusillade d'O.K Corral dans la ville de Tombstone et met ainsi en scène Wyatt Earp et ses camarades. Plongeant son spectateur dans une ambiance western, l'épisode est agréable à suivre, ne souffrant cette fois nullement de parties reconstituées. Il s'agit également du dernier épisode historique de la série avant très longtemps.
- Épisode 26 : The Savages
Diffusé du 28 mai au 18 juin 1966 en quatre parties, The Savages marque le départ du personnage de Steven Taylor interprété par Peter Purves. Intégralement détruit par la BBC, il ne subsiste de cet épisode que des reconstitutions. Il raconte comment les humains ont évolués de manière à développer une florissante civilisation, mais en se nourrissant de la force vitale d'un peuple jugé primitif appelé les "Sauvages".
- Épisode 27 : The War Machines
Diffusé en quatre parties du 25 juin au 16 juillet 1966, The War Machines est le dernier épisode de la saison 3, et également le dernier à mettre en scène Dodo, qui laisse sa place aux nouveaux compagnons du Docteur, Polly et Ben Jackson, qui resteront jusqu'à la saison 4 et assisteront à la régénération du Premier Docteur au Deuxième. Il raconte comment, tandis que le Docteur et Dodo sont rentrés en Angleterre en 1966, Dodo est soudainement possédée par un super-ordinateur nouvellement crée, WOTAN.
