La saison 13 est la deuxième saison avec Tom Baker dans le rôle du Docteur, et la troisième avec Sarah Jane Smith en compagnon. C'est également la dernière où l'UNIT et Lethbridge-Stewart interviennent durant tout le reste de la période Tom Baker.
- Épisode 80 : Terror of the Zygons
Diffusé en 4 parties du 30 août au 20 septembre 1975, il termine la longue trame débutée lors de la précédente saison. Dans la mesure cet épisode était prévu pour terminer la saison 12 ça n'a d'ailleurs rien de surprenant. C'est notamment le dernier épisode où l'on voit Harry Sullivan en tant que compagnon. Enfin, il marque la toute première apparition des Zygons, des aliens métamorphes, dans la série. En réalité c'est même le seul épisode dans lequel ils apparaîtront avant l'épisode spécial 50 ans de 2013 et l'épisode Vérité ou Conséquences en 2015.
- Épisode 81 : Planet of Evil
Diffusé en 4 parties du 27 septembre au 18 octobre 1975, Planet of Evil raconte l'intervention d'une expédition humain sur une planète où règne l'antimatière. Plusieurs membres étant décimés les uns après les autres, le Docteur et Sarah, arrivés sur la planète par erreur, sont accusés par plusieurs membres de l'équipage...
- Épisode 82 : Pyramids of Mars
Pyramids of Mars est composé de 4 parties diffusées du 25 octobre au 15 novembre 1975. Il met en scène Sutekh, le dernier des Osiriens, une race extra-terrestre qui inspira les dieux de l'Egypte antique. Enfermé par Horus, il cherche alors à se libérer en prenant possession de l'esprit d'archéologue et grâce à des serviteurs robots déguisés en robots. on apprend dans cet épisode que le Docteur est âgé de 750 ans.
- Épisode 83 : The Android Invasion
Diffusé du 22 novembre au 13 décembre 1975 en 4 parties, cet épisode marque la dernière apparition du docteur Sullivan et du sergent Benton. Énième inspiration de L'Invasion des profanateurs de sépultures, il raconte la tentative d'invasion de la Terre par des aliens, les Kraals, qui utilisent des androïdes métamorphes. Si l'épisode, grâce au talent de Tom Baker, se suit sans problèmes, il fait tout de même redite avec le premier épisode de la série qui fonctionne sur le même genre de menace.
- Épisode 84 : The Brain of Morbius
Egalement composé de 4 parties, diffusées du 3 au 24 janvier 1976, il marque la première apparition des sœurs de Karn, une organisation mystique composée de femmes qui était apparemment proche des Seigneurs du Temps. Elle réapparaîtront d'ailleurs dans la nouvelle série dans le mini épisode La Nuit du Docteur, préquel au Jour du Docteur, et qui aideront le Huitième Docteur à se régénérer. L'histoire voit donc le Docteur et Sarah arriver sur une planète où le cerveau d'un ancien tyran de Gallifrey, Morbius, tente de retrouver un corps grâce à l'aide d'un scientifique du nom de Solon. Les deux Seigneurs du Temps s'affronteront alors dans un duel d'esprits qui montrera alors les anciennes apparences de Morbius mais aussi celles du Docteur, durant sa première vie, lorsqu'il était plus jeune.
- Épisode 85 : The Seeds of Doom
Composé de six parties du 31 janvier au 6 mars 1976, The Seeds of Doom met en scène les Krynoids, une espèce végétale alien et contagieuse qui transforme tout ce qu'elle touche en elle. Le Docteur et Sarah arrivent alors en Antarctique où une expédition scientifique étudie les cosses avant que deux mercenaires, envoyés par un millionnaire passionné de plantes, n'arrivent pour prendre possession des plantes.