La saison 25 de Doctor Who est la deuxième à mettre en scène le Septième Docteur qui, après s'être séparé de Mel, voyage désormais avec Ace, qui restera jusqu'à la saison suivante. Cette saison marque alors un tournant important dans le caractère et l'image du Septième Docteur. Si ce dernier apparaît dans la saison 24 d'abord comme un personnage assez comique, il s'assombrit ici en développant notamment un caractère manipulateur.
- Épisode 148 : Remembrance of the Daleks
Remembrance of the Daleks est le premier épisode de la saison 25, diffusé en quatre parties du 5 au 26 octobre 1988. Tombant sur un affrontement entre deux factions de Daleks, le Docteur se retrouve face à l'empereur Dalek, qui n'est alors nul autre que Davros. Dès le premier épisode de la saison, le Docteur montre son caractère sombre et manipulateur en se jouant de manière extraordinaire d'un de ses principaux ennemis, l'amenant exactement là où il voulait, à savoir ni plus ni moins que la destruction de Skaro, la planète des Daleks. A noter que l'époque dans laquelle atterrissent le Docteur et Ace est 1963, soit l'époque de la première diffusion de la série, ne nombreuses références sont faites au tout premier épisode, entre autres le collège où travaillent Barbara et Ian ainsi qu'une référence à la télévision lorsque l'on entend la présentatrice annoncer un nouveau programme de science fiction.
- Épisode 149 : The Happiness Patrol
Diffusé en trois parties du 2 au 16 novembre 1988, The Happiness Patrol raconte comment le Docteur et Ace atterrissent sur Terra Alpha, une colonie terrienne au régime totalitaire, dirigé par une femme, et qui nie au habitants le droit d'êtres tristes ou maussades. Les contrevenants sont alors traqués et tués. Il s'agit de l'un des meilleurs épisodes de la saison, avec un sous-texte politique loin d'être anodin puisque, en pleine période Tatcher, l'épisode est une critique ouverte au régime de la Dame de Fer.
- Épisode 150 : Silver Nemesis
Silver Nemesis est composé de trois parties diffusées 23 novembre au 7 décembre 1988. L'histoire raconte comment plusieurs intéresses cherchent à s'emparer d'une statue comportant du validium, un métal précieux extra-terrestre et vivant possédant de grands pouvoirs. C'est ainsi que des Cybermen, voulant faire de la Terre la nouvelle Mondas, des néo-nazis voulant fonder un nouveau Reich, et une noble du XVIIème siècle tentent d'en prendre possession. A nouveau le Docteur devra mener un habile jeu d'échec pour faire échouer ses ennemis. Cet épisode lance quelques mystères sur l'identité mystérieuse du Docteur, qui est-il, quel est son nom etc...
- Épisode 151 : The Greatest Show in the Galaxy
Diffusé en quatre parties du 14 décembre 1988 au 4 janvier 1989, The Greatest Show in the Galaxy est le dernier épisode de la saison. Pure merveille, il est un épisode à part, à l'ambiance et au ton fortement mystérieux, limite psychédélique, et parfois même terrifiant. Le scénario est excellent et les effets spéciaux particulièrement réussis? Quant aux créatures, qu'il s'agisse des clowns, loin des absurdités exagérées que l'on peut retrouver dans des films d'horreurs, et qui effraient par leur simplicité, ou des Dieux du Ragnarok toutes sont parfaitement réussies, et apportent également une ambiance cosmique parfaite. Un épisode donc qui clôt parfaitement une bonne saison si ce n'est la meilleure de l'ère McCoy.